Madrasah Ibtidaiyah Hidayatul Qur’an berdiri di bawah naungan Lembaga Pendidikan dan Pondok Pesantren Hidayatul Qur’an yang berinduk pada Lembaga Pendidikan Ma’arif NU Kabupaten Klaten, didirikan sebagai alternatif jawaban atas persoalan pendidikan yang berkembang di masyarakat. Masyarakat selama ini selalu dihadapkan dengan dua pilihan dalam pendidikan; pertama, jika masyarakat memilih pendidikan yang berbasis religi (agama) saja maka konsekuensinya yang diterima adalah kekurangmampuan lulusan tersebut di bidang sains (ilmu pengetahuan umum), padahal keilmuwan ini sangat dibutuhkan untuk mengembangkan kegiatan yang lebih baik dan layak. Kedua, jika masyarakat memilih pendidikan yang berbasis sains (Ilmu Pengetahuan Umum), maka konsekuensi yang diterima adalah kekurangmampuan lulusan pendidikan tersebut dalam bidang religi (agama), padahal ilmu agama juga sangat dibutuhkan sebagai pengendali hidup di dunia maupun di akhirat.
MI Hidayatul Qur’an didirikan oleh Lembaga Pendidikan dan Pondok Pesantren Hidayatul Qur’an Manisrenggo dan dewan guru beserta para wali murid pada tahun 2011 tepatnya terletak di Dusun Prambonan RT 010/RW 006 Leses Manisrenggo Klaten. Sejak awal berdiri, MI Hidayatul Qur’an sudah berkeinginan dan bercita-cita sebagai salah satu madrasah unggulan yang diperhitungkan minimal di wilayah Manisrenggo dan sekitarnya.
MI Hidayatul Qur’an mencoba untuk selalu membuat inovasi-inovasi baru, seperti metode pembelajaran, pengembangan kurikulum, manajemen madrasah, keterlibatan wali murid (paguyuban kelas) serta kegiatan-kegiatan yang bersifat sosial ataupun lainnya dengan harapan dapat meningkatkan kualitas. MI Hidayatul Qur’an mempunyai beberapa program seperti: Fun Learning Activities, Sholat Dhuha, Sholat berjamaah, Home Visit, Bimtek Guru, outbond, Jumat sehat, Jumat Bersih, karya wisata, kunjungan industry, market day, dan lain-lain.
Madrasah meyakini bahwa lingkungan belajar yang aman, nyaman, dan kondusif dapat mendukung berkembangnya pengetahuan, mengasah keterampilan, serta membentuk sikap belajar yang baik dari siswa. Lingkungan madrasah dirancang sesuai dengan tujuan pendidikan yang dapat dimanfaatkan siswa sebagai sumber belajar. Pendampingan aktif dari guru-guru dilakukan saat siswa berinteraksi untuk memastikan proses sosialisasi siswa berjalan sesuai yang diharapkan.